La Facultad de Filosofía y Humanidades se crea el año 2006, fecha en que se constituyen todas las Facultades de la Universidad, a partir de los departamentos existentes hasta ese año. Actualmente, la Facultad está conformada por cuatro Departamentos, dos Institutos y un Centro: Filosofía, Historia, Lengua y Literatura, Arte, Instituto de Música, Instituto de Teología y Estudios Religiosos y el Centro de Estudios Mediales.
En los veintiún años de existencia de la Universidad, la Facultad de Filosofía y Humanidades –heredera del Instituto Superior de Filosofía y Letras de la Compañía de Jesús en Chile (Colegio Loyola)– pasó de tener un Bachillerato en Filosofía y Humanidades (creado en 1998, siendo una de las carreras fundadoras de la UAH), centrado en la formación de los jesuitas, a desarrollar 24 programas de docencia distribuidos en 13 carreras de pregrado, 18 diplomados, 1 postítulo, 6 magísteres y 2 doctorado, además de programas libres y cursos de servicio para alumnos nacionales y extranjeros.
El desarrollo de estos programas ha sido posible gracias a la conformación de una comunidad académica con altos niveles de formación. Al año 2023 contamos con 46 académicos de planta, la mayor parte de ellos con jornada completa, los que además de docencia, están dedicados a la investigación y extensión académica.